Enquêtes Flash : évaluation de la circulation des variants du SARS-CoV-2 en France

De nombreux variants du SARS-CoV-2 circulent sur le territoire, dont certains sont qualifiés de "variants préoccupants" (« variants of concern » - VOC) ou de "variants à suivre" (« variants of interest » - VOI) car leur impact (en termes de transmissibilité, de virulence ou d’échappement immunitaire potentiel) justifie la mise en place d’une surveillance et de mesures de gestion spécifiques au niveau national, dans l’objectif de contenir leur progression. 

Dans ce contexte, les Enquêtes Flash ont été mises en place dans le but de cartographier à un instant donné les variants du SARS-CoV-2 circulant en France. Pour ce faire, les laboratoires séquenceurs utilisent une technologie de Next Generation Sequencing (NGS) pour le séquençage du génome complet du SARS-CoV-2. Cette identification des variants par séquençage est complémentaire et plus robuste que celle basée sur les tests de criblage (RT-PCR), limitée à la détection de quelques mutations.

Les premières enquêtes ont été menées les 7 et 8 janvier 2021 et sont depuis répétées à intervalle régulier. Les enquêtes Flash font partie des cibles prioritaires de la stratégie nationale de surveillance génomique coordonnée par Santé publique France et l’ANRS | Maladies Infectieuses Emergentes dans le cadre du consortium EMER-GEN.

Ces enquêtes s’intègrent dans un dispositif global de surveillance comprenant :

• La réalisation de tests RT-PCR de criblage ; le criblage systématique des tests positifs permettant une surveillance plus réactive des variants préoccupants (VOC) connus ou de certaines mutations d’intérêt.
• La réalisation d’un séquençage complet du génome viral, dans le cadre de la stratégie nationale de surveillance génomique et notamment des enquêtes Flash.
• Une surveillance épidémiologique renforcée à l’échelle de tout le territoire afin de repérer tout signal épidémiologique qui pourrait constituer également une alerte.

En savoir plus sur la circulation et le classement des variants

Objectifs

• Détecter l'émergence de lignages génétiques (variants) présentant des mutations susceptibles d’avoir des conséquences sur la transmissibilité, la virulence ou l’échappement immunitaire
• Suivre leur éventuelle diffusion sur le territoire ou au sein de populations spécifiques

Afin de suivre l'évolution moléculaire des virus circulant sur le territoire, Santé publique France a pour objectif de recueillir les résultats de séquençage rendus par les quatre plateformes de séquençage (CNR Institut Pasteur (Paris), CNR Hospices civils de Lyon, AP-HP Henri-Mondor (Créteil) et IHU Méditerranée Infection) et les laboratoires du réseau de virologie de l’ANRS|MIE. L’analyse de ces résultats permet de cartographier les clades et les variants du SARS-CoV-2 circulant sur le territoire national. Les données de surveillance sont confrontées aux données épidémiologiques et aux résultats des travaux de virologie visant à étudier les propriétés des virus concernés.

Déroulement des enquêtes Flash

Les enquêtes Flash reposent sur la méthodologie suivante :

• Les deux premières enquêtes (Flash #1 des 7-8 janvier 2021 et Flash #2 du 27 janvier 2021) reposaient sur une sélection de prélèvements positifs par RT-PCR et dont le résultat de criblage, à la recherche de variants préoccupants (VOC), était connu.
• Depuis l’enquête Flash #3, et afin d’obtenir une cartographie globale (non limitée aux VOC connus) des différents types de virus SARS-CoV-2 circulant sur le territoire français, la sélection des prélèvements ayant un résultat de RT-PCR positif repose un échantillonnage aléatoire, quel que soit le résultat du criblage. Ces prélèvements ne doivent pas provenir de l’investigation d’un cluster afin d’éviter des biais de sélection, à l’exception des enquêtes flash #12 à #15 qui reposent sur l’inclusion de la totalité des prélèvements ayant reçu un résultat de RT-PCR positif.

Les laboratoires publics ou privés participent à ces enquêtes sur la base du code 1413-8 du Code de la Santé Publique. Ces prélèvements sont ensuite transmis aux plateformes du consortium EMER-GEN. Ces enquêtes Flash sont proposées depuis le 22/06/2021 de façon hebdomadaire.

Bon d'envoi des prélèvements positifs (RT-PCR)

Dans le cadre de la surveillance génomique du SARS-CoV-2, les prélèvements positifs (RT-PCR) qui sont à adresser aux différents laboratoires de séquençage doivent être accompagnés d’un bon d’envoi. Ce bon d’envoi doit être joint au colis contenant les prélèvements et doit être en parallèle envoyé par messagerie sécurisé au laboratoire séquenceur destinataire de ces échantillons. 

• Télécharger le bon d'envoi activité de séquençage (05/11/21).

A quoi servent les résultats ?

Les données générées par les Enquêtes Flash sont destinées à enrichir la surveillance de la COVID-19, à contribuer aux analyses de risque permettant de caractériser et classer les différents variants circulant en France, et à alimenter des travaux de recherche. 

De plus, les données sont confrontées aux travaux de virologie permettant de lier une mutation à une transmissibilité, une virulence ou encore un échappement immunitaire.

Comment sont-ils valorisés ?

Les résultats des enquêtes Flash sont restitués dans les points épidémiologiques nationaux publiés chaque semaine.

Les résultats consolidés des enquêtes Flash #5 à Flash #29 ont été restitués via les documents synthétiques "Le point sur" mis en ligne sur le site internet. Depuis l’enquête Flash #30, les résultats des enquêtes Flash considérées comme suffisamment représentatifs (plus de 500 séquences interprétables) sont disponibles via le tableau de bord InfoCovidFrance (onglet « Variants »).

Tableau synthétique des résultats jusqu'à la vague 29

Résultats détaillés (données préliminaires et consolidées) des enquêtes Flash

Depuis l’enquête Flash #30, les résultats des enquêtes Flash considérées comme suffisamment représentatifs (plus de 500 séquences interprétables) sont disponibles via le tableau de bord InfoCovidFrance (onglet « Variants »).