Point épidémiologique COVID-19 du 12 mai 2022 : poursuite de la diminution de la circulation du SARS-CoV-2, les indicateurs virologiques restent toutefois élevés

En semaine 18 (du 02 au 08 mai 2022), la diminution de la circulation du SARS-CoV-2 s’est poursuivie au niveau national, avec une baisse du taux d’incidence (-26%) et un passage en-dessous du niveau des 500 cas pour 100 000 habitants, et ceci dans la quasi-totalité des classes d’âge. Le taux de positivité restait néanmoins élevé (20,1%). Les taux d’incidence étaient les plus hauts et supérieurs à 900 cas pour 100 000 habitants à La Réunion et en Martinique. Au niveau hospitalier, la baisse des indicateurs se confirmait à nouveau cette semaine. Le 09 mai, 4,5% des 60-79 ans et 16,7% des 80 ans et plus avaient reçu une seconde dose de rappel , soit respectivement 34,6% et 24,0% de ceux qui y étaient éligibles à cette date. La circulation du SARS-CoV-2 et des virus grippaux étant toujours active, le respect de l’application des mesures barrières reste nécessaire pour continuer à améliorer la situation épidémique actuelle. De plus l’effort de vaccination doit se poursuivre, notamment en ce qui concerne la deuxième dose de rappel chez les éligibles, dont les plus âgés et les immunodéprimés. Le suivi des autres mesures préconisées reste également nécessaire en cas de symptômes, de test positif ou de contact à risque.

Le taux d’incidence est passé en dessous des 500 cas pour 100 000 habitants

Au niveau national, le taux d’incidence a continué sa diminution en semaine 18 (404, -26% par rapport à la semaine 17). La diminution était observée dans l’ensemble des classes d’âge, excepté chez les moins de 10 ans, pour lesquels ce taux était stable. Parmi ceux-ci, une hausse modérée était observée chez les enfants de 3 à 10 ans. Toutefois, les valeurs de cet indicateur restaient les plus faibles chez les moins de 10 ans et chez les 10-19 ans. Ce taux était le plus élevé chez les 70-79 ans et les 30-39 ans. Le taux de dépistage a également poursuivi sa diminution (-14%) dans l’ensemble des classes d’âge. Il restait le plus élevé chez les 90 ans et plus. Le taux de positivité était en diminution (20,1%, -3,4 points). Une augmentation de ce taux était cependant observée chez les 0-9 ans et les 10-19 ans. Ces tendances étaient observées dans un contexte de rentrée scolaire et seront à confirmer dans les semaines à venir. Le taux de positivité a continué de diminuer dans les autres classes d’âge, de façon plus marquée chez ceux de 50 ans et plus.

En France métropolitaine, le taux d’incidence était toujours en baisse sur l’ensemble du territoire. Les taux les plus élevés étaient observés en Bretagne et en Normandie, et les plus bas en Île-de-France et en Nouvelle-Aquitaine. Le taux de dépistage a poursuivi sa baisse dans toutes les régions, avec les valeurs les plus élevées en Provence-Alpes-Côte d’Azur et en Corse. Le taux de positivité continuait de baisser dans l’ensemble des régions. Il était supérieur à 25% en Bretagne, Pays de la Loire, Centre-Val de Loire et Normandie. En Outre-mer, le taux d’incidence était élevé et en forte hausse en Martinique. La situation s’améliorait à La Réunion, bien que ce taux soit resté le plus haut cette semaine.

La baisse du nombre des nouvelles hospitalisations se poursuit

Au niveau national, le nombre de nouvelles hospitalisations était en baisse pour la quatrième semaine consécutive (4 938, -28%) tandis que celui des nouvelles admissions en soins critiques diminuait pour la troisième semaine d’affilée (541, -25%). Le nombre de décès à l’hôpital et en ESMS s’élevait à 592 (-23%, données non consolidées). L’excès modéré de mortalité toutes causes observé entre les semaines 12 et 16 semblait revenir dans les marges de fluctuation habituelle en semaine 17.

En France métropolitaine, le taux de nouvelles hospitalisations a diminué dans toutes les régions. Ils étaient encore les plus élevés en Bourgogne-Franche-Comté, en Normandie et en Bretagne. Les taux de nouvelles admissions en soins critiques étaient stables en Normandie, dans le Grand Est et en Nouvelle-Aquitaine, tandis qu’ils diminuaient dans les autres régions. En Outre-mer, le taux de nouvelles hospitalisations restait le plus élevé, mais poursuivait sa diminution  à La Réunion. Dans les autres territoires, le nombre de nouvelles hospitalisations était relativement faible, mais tout de même en hausse en Guadeloupe.

Le sous-lignage BA.2 du variant Omicron représente 98,6% des séquences interprétables

Les données de séquençage confirment l’omniprésence d’Omicron en France. En métropole, il représentait 100% des séquences interprétables dans l’enquête Flash S17 (25/04) et près de 99,9% dans l’enquête Flash S16 (19/04). Dans les DROM, Omicron est le seul variant détecté depuis Flash S06-2022 (07/02). Ces données illustrent la circulation quasi exclusive d’Omicron sur l’ensemble du territoire. Le sous-lignage BA.2 est majoritaire en France, avec 99% des séquences de l’enquête Flash S16 (19/04).

Les sous-lignages d’Omicron BA.4 et BA.5 font l’objet d’une surveillance renforcée sur la base de leur profil génétique. Ils circulent majoritairement en Afrique du Sud, où des études de caractérisation sont en cours et sont détectés en France depuis Flash S13 (28/03) pour BA.5 et Flash S16 pour BA.4. Au 10/05/2022, sept cas de BA.4 et 15 cas de BA.5 ont été identifiés sur le territoire au cours d’enquêtes Flash. Les résultats de criblage montrent que la proportion de détection de la mutation L452R (résultat de criblage C1), qui était présente majoritairement chez Delta, a augmenté, passant de 0,4% en S17 à 0,8% en S18. Cette mutation est retrouvée chez les sous lignages d’Omicron BA.4 et BA.5, mais aussi chez d’autres sous-lignages de BA.1 et BA.2 (dont BA.2.11).D’autre part, le recombinant XD est toujours détecté à des niveaux faibles (0,2% au cours de Flash S16-2022 et non détecté au cours de Flash S17-2022)

• Plus d’informations sont disponibles dans l’analyse de risque variants du 20/04/2022.

Près de 17% des 80 ans et plus ont reçu une seconde dose de rappel

Au 09 mai 2022, l’estimation de la couverture vaccinale en population générale était de 79,6% pour une primo-vaccination complète et de 59,2% pour la dose de rappel. La couverture vaccinale de la dose de rappel était de 74,0% chez les 18 ans et plus et de 83,9% chez les 65 ans et plus. En outre, 9,7% des enfants âgés de 10 à 11 ans avaient reçu une première dose de vaccin (3,2% pour les 5 à 9 ans). Parmi les 60-79 ans, 4,5% avaient reçu une seconde dose de rappel (3,9% au 02/05/2022) et 34,6% de ceux qui y étaient éligibles l’avaient effectivement reçue. Parmi les 80 ans et plus, la couverture vaccinale de la seconde dose de rappel était de 16,7% (15,1% au 02/05/2022) et 24,0% de ceux qui étaient éligibles à cette date l’avaient reçue.

Les données de couvertures vaccinales par département, et celles concernant la deuxième dose de rappel dans toutes les classes d’âge et chez les résidents en Ehpad ou USLD sont publiées sur Géodes.

Par ailleurs, Santé publique France publie les derniers résultats de la surveillance des cas de COVID-19 chez les professionnels en établissements de santé.

A compter du samedi 14 mai 2022, la publication les week-ends et jours fériés des indicateurs quotidiens relatifs au suivi de l’épidémie de COVID-19 à l’hôpital (données SI-VIC) sera arrêtée. Les données disponibles en open-data sur Géodes et sur le tableau de bord InfoCovidFrance seront publiées uniquement les jours ouvrés. Les données publiées tiendront compte des rattrapages cumulés du week-end et jours fériés. Les indicateurs SI-DEP (indicateurs virologiques) seront publiés tous les jours de la semaine y compris le week-end.