En semaine 16 (du 18 au 24 avril 2022), la baisse du taux d’incidence (corrigé pour l’effet du jour férié du 18 avril) s’est accentuée (-26%) et le taux de positivité (28,5%) a perdu 3,2 points, mais ces deux indicateurs restaient élevés. La baisse du nombre de nouvelles hospitalisations amorcée en semaine 15 semblait se poursuivre en semaine 16, mais demande à être confirmée la semaine prochaine. En Outre-mer, le taux d’incidence corrigé et celui des nouvelles admissions à l’hôpital restaient très élevés à La Réunion. Au 25 avril, 3,3% des 60-79 ans et 13,2% des 80 ans et plus avaient reçu une seconde dose de rappel. Alors que la dernière enquête CoviPrev montre une forte baisse de l’adoption systématique des gestes barrières depuis février, leur maintien demeure essentiel pour protéger les plus fragiles dans le contexte actuel d’une circulation toujours active du SARS-CoV-2 et des virus grippaux pour protéger les plus fragiles. En parallèle, l’effort de vaccination doit se poursuivre, notamment pour la deuxième dose de rappel
chez les sujets les plus âgés, bien acceptée chez les personnes ayant déjà reçu une première dose, selon l’enquête CoviPrev. Le suivi des autres mesures préconisées reste également primordial en cas de symptômes, de test positif ou de contact à risque.
Poursuite de la diminution du taux d’incidence
Au niveau national, le taux d’incidence corrigé (pour tenir compte du 18 avril férié) a fortement diminué en semaine 16 (-26% par rapport à la semaine 15) et est passé sous le seuil de 1 000 cas pour 100 000 habitants. Cette tendance s’observait dans toutes les classes d’âge et était de nouveau particulièrement marquée chez les moins de 20 ans, avec un taux d’incidence inférieur à 500. Cet indicateur restait au contraire supérieur à 1 000 dans la majorité des autres classes d’âge, atteignant 1 163 (-20%) chez les 70-79 ans et 1 151 (-18%) chez les 90 ans et plus. Le taux de dépistage
corrigé a également diminué (-17%), en particulier chez les 0-9 ans (-33%) et les 10-19 ans (-23%). Il demeurait le plus élevé chez les 90 ans et plus (4 758, -8%). Après cinq semaines de hausse et une semaine de stabilisation, le taux de positivité a perdu 3,2 points mais restait toujours élevé (28,5%). Il a diminué dans toutes les classes d’âge, de 1,8 point (26,4%) chez les 20-29 ans à 5,5 points (19,7%) chez les 10-19 ans. Il restait le plus élevé chez les 50-59 ans (33,0%).
En France métropolitaine, le taux d’incidence corrigé a diminué dans l’ensemble des régions. Seule la Corse gardait un taux supérieur à 1 000 et le taux le plus bas était observé en Île-de-France. Le taux de dépistage corrigé, en baisse dans toutes les régions, était le plus élevé en Corse. Le taux de positivité a également diminué sur l’ensemble du territoire et de façon particulièrement marquée en Île-de-France et en Occitanie. En Outre-mer, le taux d’incidence corrigé restait très haut à La Réunion et était toujours élevé en Guadeloupe et en Martinique.
Tendance à la baisse du nombre de nouvelles admissions à l’hôpital, les indicateurs restent élevés
Au niveau national, le nombre de nouvelles hospitalisations (7 989, -21%) et celui des nouvelles admissions en soins critiques (832, -15%) restaient élevés en semaine 16. Les tendances à la baisse devront être confirmées après consolidation des données dans les prochains jours, les indicateurs consolidés en semaine 15 montrant une légère diminution des hospitalisations (-6%), mais des admissions en soins critiques toujours en légère hausse (+5%). En semaine 16, le nombre de décès à l’hôpital et en ESMS s’élevait à 806 (-6%, données non consolidées). L’excès de mortalité toutes causes observé entre les semaines 12 et 15 concernait principalement les 65-84 ans, ainsi que les 85 ans et plus en semaines 14 et 15.
En France métropolitaine, les taux de nouvelles hospitalisations étaient les plus hauts en Bourgogne-Franche-Comté et en Normandie. Les taux de nouvelles admissions en soins critiques étaient en hausse en Auvergne-Rhône-Alpes. En Outre-mer, le taux de nouvelles hospitalisations était toujours très élevé à La Réunion.
Circulation quasi-exclusive du sous-lignage BA.2 du variant Omicron
Les données de séquençage confirment l’omniprésence d’Omicron en France. En métropole, il représentait 100% des séquences interprétables dans l’enquête Flash S15 (11/04) et 99,9% dans l’enquête Flash S14 (04/04). Dans les DROM, Omicron est le seul variant détecté depuis Flash S06-2022 (07/02). Ces données illustrent la circulation quasi exclusive d’Omicron sur l’ensemble du territoire.
Le recombinant XD est classé variant en cours d’évaluation (VUM) depuis l’analyse de risque variants du 23/03/2022, en raison de ses caractéristiques génétiques dérivées des variants préoccupants (VOC) parentaux (Delta AY.4 et Omicron BA.1). Il représente moins de 0,1% des séquences interprétables des enquêtes Flash S01 (03/01) à Flash S14 (04/04), et n’a pas été détecté au cours de l’enquête Flash S15. Plus d’informations sont disponibles dans l’analyse de risque variants du 20/04/2022.
Recombinants du SARS-CoV-2 : d’où viennent-ils et sont-ils préoccupants ?
Depuis son émergence, le virus du SARS-CoV-2 a évolué, ce qui a entrainé l’apparition de différents variants (circulation des variants du SARS-CoV-2). Lorsque deux variants circulent en même temps, certaines personnes peuvent être infectées par deux variants simultanément. Ces co-infections peuvent donner lieu à des phénomènes de recombinaison, c’est-à-dire des échanges de matériel génétique entre les deux variants. Le recombinant issu de cet évènement possède donc un génome « chimère », ce génome correspondant en partie à celui du premier variant et en partie à celui du second variant.
Le phénomène de recombinaison est fréquent pour le SARS-CoV-2, et son importance en santé publique dépend de la similarité des caractéristiques (transmissibilité, pouvoir pathogène, échappement immunitaire) entre les deux variants parentaux :
- S’ils ont des caractéristiques différentes, comme Delta et Omicron, une surveillance renforcée est essentielle pour déterminer les caractéristiques du recombinant (transmissibilité, pouvoir pathogène, échappement immunitaire) susceptibles de modifier la dynamique de l’épidémie de COVID-19. Il s’agit alors d’un signal à prendre en compte et pour lequel une adaptation des mesures de santé publique pourrait être envisagée.
- Plus les variants parentaux sont similaires, plus la probabilité qu’un recombinant ait des caractéristiques différentes est faible. La détection de tels recombinants est essentiellement l’illustration d’une surveillance génomique de qualité, qui permet d’identifier des signaux complexes à des niveaux de fréquence faible.
En France, entre décembre 2021 et janvier 2022, la co-circulation Delta/Omicron a été associée à l’émergence du recombinant XD. Dès les premiers signaux de son émergence, la mobilisation des différents partenaires du consortium EMERGEN (co-porté par Santé publique France et l’ANRS|MIE) a permis d’investiguer de manière réactive les caractéristiques du recombinant XD et d’évaluer son impact en santé publique. Aujourd’hui, ce
recombinant est détecté à des niveaux très faibles en France, ce qui est en faveur d’une absence d’avantage de compétitivité de ce variant par rapport à Omicron BA.2. D’autres recombinants Delta/Omicron, nommés XF et XS, ont émergé dans d’autres pays dans des circonstances similaires.
Depuis début 2022, les sous-lignages BA.1 et BA.2 d’Omicron ont à leur tour co-circulé et donné naissance à des recombinants. Ces recombinants incluent XE et XL, qui ont été détectés en France, mais aussi XG, XH, XJ, XK, XM, XN, XP, XQ, XR XT et XU. Ces recombinants ne sont pas source de préoccupation, mais leur surveillance est maintenue.
Tous les variants, dont les recombinants, n’ont pas des caractéristiques similaires, et tous ne sont pas préoccupants. Les analyses de risque conduites par Santé publique France et le CNR (Centre National de Référence) Virus des infections respiratoires combinent les données disponibles en France et à l’international dans l’objectif de repérer parmi les variants ceux qui sont préoccupants, et ce, le plus précocement possible.
Plus de 13% des 80 ans et plus ont reçu une seconde dose de rappel
Au 25 avril 2022, l’estimation de la couverture vaccinale en population générale était de 79,6% pour une primovaccination complète et de 59,0% pour la dose de rappel. La couverture vaccinale de la dose de rappel était de 73,7% chez les 18 ans et plus et de 83,7% chez les 65 ans et plus. En outre, 9,6% des enfants âgés de 10 à 11 ans avaient reçu une première dose de vaccin (3,2% pour les 5 à 9 ans). Parmi les 60-79 ans, 3,3% avaient reçu une seconde dose de rappel et 32,0% de ceux qui y étaient éligibles l’avaient effectivement reçue. Parmi les 80 ans et plus, la couverture vaccinale de la seconde dose de rappel était de 13,2% et 19,9% de ceux qui étaient éligibles à cette date l’avaient reçue.
Les données de couvertures vaccinales par département, et celles concernant la deuxième dose de rappel chez les plus de 60 ans et chez les résidents en Ehpad ou USLD sont publiées sur Géodes.
Adhésion aux mesures de prévention contre la COVID-19
Lors de la vague 33 de l’enquête CoviPrev (du 8 au 15 avril 2022), on observait, après deux mois consécutifs d’augmentation jusqu’en janvier 2022 puis une stabilisation en février, une baisse de l’adoption systématique des mesures barrières, en particulier le port du masque (42% contre 71% en février). Concernant l’adhésion vaccinale, 79% des répondants étaient couverts par un rappel contre la Covid-19 ou avaient l’intention d’en recevoir un. Par ailleurs, 68% des répondants ayant déjà reçu un premier rappel étaient favorables à la seconde dose (77% parmi les 60 ans et plus). L’adhésion des parents à la vaccination de leurs enfants de 5-11 ans était stable à un niveau bas depuis janvier 2022 : 30 % déclaraient ne pas vouloir vacciner leur enfant car il avait déjà eu la Covid-19. Par ailleurs, selon les données fournies par les répondants, 4% des tests positifs pour Covid-19 des adultes étaient issus d’autotests, non confirmés par un test PCR ou antigénique.
- Plus d’informations : Le Point Sur l’adhésion aux mesures de prévention (CoviPrev vague 33)
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Chiffres clés et évolution de la COVID-19 en France et dans le monde
