Coronavirus : circulation des variants du SARS-CoV-2

Tout savoir sur la circulation des variants sur le territoire : InfoCovidFrance : le tableau de bord de Santé publique France (cliquez sur Variants)

La nature des variants présents sur le territoire et leur impact potentiel en terme de transmissibilité, de virulence ou d’échappement immunitaire potentiel justifie la mise en place d’une surveillance et de mesures de gestion spécifiques au niveau national dans l’objectif de contenir leur progression.

Santé publique France et ses partenaires ont mis en place un système de surveillance complet et réactif de l’épidémie de Covid-19 et de ses variants. Cette surveillance des variants s’appuie sur deux méthodes complémentaires : le criblage et le séquençage.

Le criblage immédiat des prélèvements positifs après un test RT-PCR

L’objectif du criblage est d’identifier les mutations permettant de suspecter certains variants connus, dans un délai d’environ 24 heures après le diagnostic de l’infection. Les résultats remontent à Santé publique France via le système d’information SIDEP et permettent de produire des indicateurs aidant au suivi, de manière très réactive, de la suspicion des principaux variants qui circulent sur le territoire. Ces indicateurs sont publiés quotidiennement sur le tableau de bord InfoCovidFrance, TousAntiCovid, Géodes ainsi qu’en open data sur data.gouv.fr.

Le séquençage complet du génome viral à partir des prélèvements positifs après un test RT-PCR

C’est le séquençage qui est la méthode de référence permettant de confirmer les suspicions de variant. L’objectif du séquençage est de caractériser avec certitude le type de variant responsable de l’infection. Il est capable d’identifier tout variant, connu ou inconnu, grâce à l’analyse de son code génétique. Le séquençage permet ainsi de détecter tout nouveau variant, et de suivre sa diffusion sur le territoire, avec des délais toutefois supérieurs à ceux du criblage (de 7 à 14 jours sont nécessaires). Les résultats de séquençage sont rassemblés au niveau national dans le cadre du Consortium EMERGEN. 

Deux stratégies de séquençage complémentaires sont mises en œuvre :

• Les enquêtes Flash consistent à sélectionner aléatoirement des prélèvements positifs pour le SARS-CoV-2 pour lesquels le génome viral est séquencé. Répétées à intervalles réguliers, elles ont pour objectif de dresser une cartographie des souches de SARS-CoV-2 circulant en France. Elles permettent aussi de détecter l’émergence de nouveaux variants.
• Le séquençage ciblé ou interventionnel permet d’investiguer spécifiquement les variants du SARS-CoV-2 associés à un profil particulier, ayant intérêt en santé publique (échecs vaccinaux, cas graves). Il peut aussi être déployé pour l’investigation de clusters ou le renforcement de la surveillance d’un nouveau variant émergent (avec un séquençage des cas suspects). 

La combinaison du criblage (qui permet de repérer rapidement les suspicions) et du séquençage (nécessaire à la confirmation d’un variant mais avec des délais incompressible) permet d’avoir une surveillance à la fois précise et réactive. 

Omicron : une surveillance renforcée sur le territoire 

Le suivi au plus près de l’émergence du variant Omicron en France est un enjeu majeur de santé publique. Les différentes méthodes de surveillance des variants ont été mobilisées afin d’assurer ce suivi : 

• L’utilisation du criblage, permettant un suivi réactif, a été utilisé pour suivre le variant Omicron en France dès novembre 2021. Omicron ne portait aucune des mutations inclues dans la stratégie de criblage au moment de son émergence fin novembre 2021 (E484K, E484Q et L452R). Si ce profil en criblage (absence des trois mutations cibles) n’était pas spécifique d’Omicron, il était minoritaire et permettait de suivre la dynamique de diffusion d’Omicron en France. Ce profil a donc été ajouté dans les indicateurs suivis quotidiennement par Santé publique France.
• Le profil caractérisé par l’absence des trois mutations inclues dans le criblage n’étant pas retrouvé uniquement chez Omicron, une stratégie de criblage complémentaire a été mise en place. Cette stratégie consiste à recherche plusieurs mutations plus spécifiques du variant Omicron. L’identification d’une de ces mutations est considérée comme une suspicion forte d’Omicron, et a été progressivement mise en place en France. 
• La confirmation de l’infection par un variant nécessitant un résultat de séquençage, celui-ci a été renforcé pour suivre au plus près les premiers cas sur le territoire. Une forte mobilisation des laboratoires du Consortium EMERGEN a permis la confirmation et l’identification des premiers cas avec des délais de séquençage considérablement réduits. 

Depuis le 6 janvier 2022, les nouveau indicateurs de criblage sont disponibles en open data sur la plateforme Géodes et sur data.gouv.fr.

En France, Santé publique France et le Centre National de Référence des virus des infections respiratoires réalisent conjointement et de façon régulière une « analyse de risque ». 

Cette analyse porte sur les différents variants du SARS-CoV-2 identifiés en France et à l’international sur la base des informations disponibles sur leur diffusion et leurs caractéristiques, de l’analyse fonctionnelle virologique en France, notamment par le CNR, et de la définition de variants de l’OMS le 25/02/2021 (sources : données du Consortium EMERGEN dont les enquêtes Flash, résultats des RT-PCR de criblage, base de données virologiques internationale « Global Initiative on Sharing Avian Influenza Data » ou GISAID, données de la littérature scientifique, documents produits par l’OMS et l’ECDC, etc.)

Cette analyse de risque aboutit au classement des variants évalués en trois catégories :

• variant préoccupant, ou VOC (« variant of concern » en anglais) : variant pour lequel il a été démontré en comparant avec un/plusieurs virus de référence :
  • une augmentation de la transmissibilité ou un impact défavorable sur l’épidémiologie du COVID-19 ;
  • une augmentation de la gravité ou un changement de présentation clinique ;
  • une diminution de l’efficacité des mesures de contrôle mises en place (mesures de prévention, tests diagnostiques, vaccins, molécules thérapeutiques) OU
  • classement en VOC par l’OMS
• variant à suivre, ou VOI (« variant under investigation » ou « variant of interest » en anglais) : variant caractérisé par un changement phénotypique par rapport à un virus de référence ou des mutations qui conduisent à des changements en acides aminés associés à des implications phénotypiques confirmées ou suspectées ET : 
  • responsable d’une transmission communautaire ou multiples cas confirmés ou clusters, ou a été détecté dans de multiples pays OU
  • classement en VOI par l’OMS
• variant en cours d’évaluation : absence d’éléments virologiques, épidémiologiques ou cliniques probants en faveur d’un impact en santé publique en France, malgré la présence de mutations retrouvées chez un ou plusieurs variants d’intérêt/à suivre.

Impact du classement en variant d’intérêt ou à suivre

• Variant préoccupant ou VOC : une surveillance et des mesures de gestion spécifiques sont mises en place au niveau national
• Variant à suivre ou VOI : le CNR Virus des infections respiratoires et Santé publique France mettent en place un suivi national et international renforcé ainsi que des analyses virologiques spécifiques permettant d'évaluer leurs caractéristiques virologiques, cliniques et épidémiologiques

Tableau de classement des variants du SARS-CoV-2 en France, 18/05/22

La nomenclature OMS attribuée à certains variants est ajoutée entre parenthèses (alphabet grec).
Enquête Flash S18-2022 réalisée le 02/05/2022 : données sur 1 764 séquences interprétables.
*Comprend tous les sous-lignages concernés.

Consultez les analyses de risque et caractéristiques des variants d’intérêt à suivre

• Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 (18/05/2022)
• Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 (20/04/2022)
• Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 (23/03/2022)
• Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 (23/02/2022)
• Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 (26/01/2022)
• Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 (05/01/2022)
• Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 (15/12/2021)
• Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 (01/12/2021)
• Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 (12/11/2021)
• Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 (03/11/2021)
• Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 (21/10/2021)
• Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 (13/10/2021)
• Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 (22/09/2021)
• Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 (08/09/2021)
• Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 (25/08/2021)
• Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 (11/08/2021)
• Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 (28/07/2021)
• Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 (15/07/2021)
• Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 (30/06/2021)
• Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 (16/06/2021)
• Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 (02/06/2021)
• Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 (19/05/2021)
• Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 (12/05/2021)
• Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 (05/05/2021)
• Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 (21/04/2021)
• Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 (08/04/2021)
• Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 (25/03/2021)

Le consortium EMERGEN (Consortium pour la surveillance et la recherche sur les infections à pathogènes EMERgents via la GENomique microbienne), coordonné par Santé publique France et l'ANRS | Maladies infectieuses émergentes, a été créé en janvier 2021 pour renforcer les capacités françaises de surveillance génomique et de recherche sur les variants du SARS-CoV-2 en France. L’activité présentée est basée sur les données EMERGEN-DB arrêtées chaque lundi à 12h00.

Au niveau international, la plateforme GISAID (Global Initiative on Sharing Avian Influenza Data) a pour but de collecter les données de séquençage du virus de la grippe et est, depuis 2020, impliquée dans la collecte des séquences du génome complet du SARS-CoV-2 ; les laboratoires du consortium EMERGEN y contribuent. 

Chiffres clés au 23/05/2022

Activité de séquençage nationale : 573 717 séquences au total produites depuis 2021-S01

• 2022-S20 (16/05/2022 au 22/05/2022, données non consolidées) : 10 068 séquences ;
• 2022-S19 (09/05/2022 au 15/05/2022, données consolidées) : 9 910 séquences ;
  • Evolution 2022-S19 vs. 2022-S18 (données consolidées) : +0,4%
  • Proportion des 272 100 cas de COVID-19 en 2022-S18 séquencés en 2022-S19 : 3,6%

Figure 1 – Activité réelle de séquençage du SARS-CoV-2 basée sur le nombre de prélèvements reçus, Consortium EMERGEN, France, semaines 2021-S05 à 2022-S20 (Source : données EMERGEN, Santé publique France)

Activité de dépôt sur GISAID : 335 113 séquences au total depuis janvier 2020

• S20 (16/05/2022 au 22/05/2022) : 3 952 séquences (-17,3% par rapport à S19)

L’activité de dépôt dans GISAID est en diminution (3 952 séquences en S20 vs. 4 776 séquences en S19 soit -17,3%). Cette activité de soumission de séquences du SARS-CoV-2 sur GISAID place la France au 6ème rang mondial des contributeurs, et au 3ème rang des pays de l’Union Européenne, après l’Allemagne et le Danemark.

Les délais de soumission puis d’acceptation des séquences soumises sur GISAID peuvent parfois être importants : il n’est donc pas possible de comparer directement les données hebdomadaires EMERGEN aux données de dépôts des semaines équivalentes sur GISAID.

Les enquêtes Flash# ont été mises en place dans le but de cartographier à un instant donné les variants du SARS-CoV-2 circulant en France. 

Les premières enquêtes ont été menées les 7 et 8 janvier 2021 et sont depuis répétées à intervalle régulier. Les résultats des enquêtes Flash sont restitués dans les points épidémiologiques nationaux publiés chaque semaine, en particulier : 

• les résultats consolidés des enquêtes Flash #5 à Flash #29 ont été restitués via les documents synthétiques "Le point sur" mis en ligne sur le site internet,
• depuis l’enquête Flash #30, les résultats des enquêtes Flash considérées comme suffisamment représentatifs (plus de 500 séquences interprétables) sont disponibles via le tableau de bord InfoCovidFrance (onglet « Variants »).

Les enquêtes Flash font partie des cibles prioritaires de la stratégie nationale de surveillance génomique coordonnée par Santé publique France et l’ANRS|Maladies Infectieuses Emergentes dans le cadre du Consortium EMERGEN.

• En savoir plus sur les enquêtes Flash